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Stacca un quarzo da un BGA e prova a usarlo sul Green... :)

Prova quello classico allora. :D
Sono curioso di capire se succede lo stesso la storia dei led rossi, anche variando il punto di saldatura del CLK.

Prova clk alternativo in FT2R2...

Per curiosità, potresti creare e iniettare un ECC usando un altro tool?

Ummm... bene bene, fai varie prove...

Ci sto pensando ma al momento non mi viene in mente nulla... :S

In pratica nel README del bitstream che hai usato (che è giusto, ho verificato), c'è scritto di seguire lo schema di collegamento per Squirt Black (ovviamente aggiungendo il CLK come hai fatto). Ora...